Frederik Christian Schnell får ved sin fars udvisning en værge og går på Slagelse skole, hvor efter han bliver præst. Hans første præsteembede bliver på Fort Christiansborg på Guinea, Guldkysten, Afrika.
Frederik ankommer til fortet på Guinea ca. januar 1699. I juli 1700 skriver han et brev til de høje direktører i det vestindisk-guinesiske Kompagni, hvor han indtrængede, men forgæves, bønfalder om at måtte blive løst fra sin kontrakt. Han vender først hjem ca. 1704.
Hjemrejsen fra Guinea via øen St. Thome under linjen, hvor Fort Christiansborgs afgående guvernør Johan Thrane lå syg, inden han kunne fortsætte mod Danmark, er beskrevet i et brev fra guvernøren til direktørerne for kompagniet. Thrane er rejst fra St. Thome med et hollandsk skib sammen med "præsten Hr. Frederick Schneel" til Plymouth, England, hvor de skiltes. Guvernøren fortsatte til London, mens Frederik Schnell blev ved skibet for at fortsætte med det til Holland, når det var blevet repareret efter en hård sejltur med både uvejr og angreb fra andre skibe.
Frederik Christian er herefter præst i Mejrup, Ringkøbing, i to år, herefter i Thisted, hvor han gennem flere år er i strid med biskop Frans Thestrup - en strid, som ender med at Frederik bliver suspenderet i april 1728. Han dør og bliver begravet sammen med sin datter, Johanne, d. 18. oktober 1728. (Jeg har affotograferet og transskriberet breve, dagjournaler og skibsdokumenter vedrørende Frederiks tid på Guinea.)
